阿里云企业网站建设,免费的制作手机网站平台,建设中网站首页,友情链接Matlab工具NIFTI包的基本功能函数
Nifti 格式最初是为神经影像学发明的。神经影像信息学技术计划#xff08;NIFTI#xff09;将 NIfTI 格式预设为 ANALYZE7.5 格式的替代品。它最初的应用领域是神经影像#xff0c;但是也被用在其他领域。这种格式的主要特点就是它包含两个…Matlab工具NIFTI包的基本功能函数
Nifti 格式最初是为神经影像学发明的。神经影像信息学技术计划NIFTI将 NIfTI 格式预设为 ANALYZE7.5 格式的替代品。它最初的应用领域是神经影像但是也被用在其他领域。这种格式的主要特点就是它包含两个能够将每个体素的索引i,j,k和它的空间位置x,y,z关联起来的仿射坐标。
Tools for NIfTI and ANALYZE image 工具包的基本功能 官网提供的Basic Programs自用随手保存一下
网址https://ww2.mathworks.cn/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image
安装包 链接https://pan.baidu.com/s/132B9mbzeli8MvRD6rMpA6A 提取码1vw3
如何安装NIFTI请见链接 https://blog.csdn.net/Alexa_/article/details/132351998?spm1001.2014.3001.5501
1. load_untouch_header_only.m仅加载 NIfTI 或 ANALYZE 文件的标题部分。输入文件将被自动检测。NIfTI 文件将返回 NIfTI 结构ANALYZE 文件将返回 ANALYZE 结构。
2. load_nii.m加载 N 维 NIfTI 文件其中 N 可以是 3 到 7或 ANALYZE 文件其中 N 可以是 3 到 4并应用标题信息例如仿射几何变换、体素强度缩放、等到数据。如果您的文件超过 3 维例如时间序列等您还可以指定一个范围以仅提取 1 个或多个卷。
3. save_nii.m将由“load_nii.m”加载或由“make_nii.m”制作的N维NIfTI结构其中N可以是3到7保存到NIfTI文件中。
4. make_nii.m根据N维矩阵和其他可选参数例如voxel_size、origin等制作N维NIfTI结构其中N可以是3到7。使用“save_nii”命令可以将“make_nii”生成的 NIfTI 结构保存到 NIfTI 文件中。
5. make_ana.m根据3D矩阵和其他可选参数如voxel_size、origin等制作3D ANALYZE结构。使用“save_untouch_nii”命令可以将“make_ana”生成的ANALYZE 结构保存到一个ANALYZE 文件中以便与一些仅限ANALYZE 的程序兼容。
6. reslice_nii.m重新采样3D或4DNIfTI文件或在.mat文件中使用仿射矩阵M的ANALYZE文件并将重新采样的数据保存到新的NIfTI文件中。该程序将基于仿射矩阵这对于无法使用“load_nii.m”加载的具有非正交旋转或剪切的倾斜图像特别有用。也可以指定voxel_size等不会造成负面影响只要记住使用“reslice_nii.m”后不要做切片时间校正即可。
7. pad_nii.m在 NIfTI 结构中从六个侧面中的任何一个填充体积同时保持始发者、体素大小、数据类型和描述不变。该程序在您使用 reslice_nii 后特别有用因为新卷很可能具有不同的尺寸。
8. clip_nii.m从六个侧面中的任何一个剪切 NIfTI 结构中的卷同时保持发起者、体素大小、数据类型和描述不变。该程序在您使用 reslice_nii 后特别有用因为新卷很可能具有不同的尺寸。
9. view_nii.m查看和编辑由“load_nii.m”加载或由“make_nii.m”制作的3D或4DNIfTI或ANALYZE结构。激活图、ROI 等可以叠加在背景图像之上见上图。绘图视图可以嵌入到您现有的图形窗口中。如果你将它作为一个单独的程序使用它还可以编辑图像的方向和体素值查看体积直方图并保存修改后的图像。
10. load_untouch_nii.m加载 N 维 NIfTI 文件其中 N 可以是 3 到 7或 ANALYZE 文件其中 N 可以是 3 到 4但不要应用标题中指示的任何更改。警告不要使用“view_nii.m”查看由“load_untouch_nii.m”加载的结构。
11. save_untouch_nii.m保存由“load_untouch_nii.m”加载或由“make_ana. m 到一个新的 NIfTI 或 ANALYZE 文件中。如果不修改加载的数据集则新保存的文件中的标题和数据应与原始文件中的相同。
其他程序
1.collapse_nii_scan.m将多个单扫描 NIfTI 或 ANALYZE 文件整合成一个多扫描 NIfTI 文件。
2. expand_nii_scan.m将一个多次扫描的 NIfTI 文件分解为多个单次扫描的 NIfTI 文件。
3. save_untouch_slice.m用load_untouch_nii加载的部分切片保存回原始图像。您可以以任何方式处理这些切片矩阵只要它们的尺寸不变。
4. get_nii_frame.m返回一个NIfTI文件的时间帧数。
5.flip_lr.m沿穿过originator的平面左右翻转NIfTI或ANALYZE文件并将LR翻转后的数据保存到NIfTI文件中。警告请谨慎使用此程序尽管您可以随时将其翻转回来。
6. load_nii_ext.m从 NIfTI 文件加载头扩展。
7. mat_into_hdr.m将旧 SPM .mat 文件中的仿射矩阵集成到其 .hdr 头文件中。因此ANALYZE 文件被转换为带有更新的 .hdr 头文件的 NIfTI 文件。
