建设银行四川分行网站,2003服务器怎么挂网站,企业网站制作服务,个人网站 阿里云本文转载自CSDN博主「L-JingJing」的原创文章
近日#xff0c;阿里云对外宣布其容器服务调度GPU云服务器启动加速计算#xff0c;最快只需60秒即可完成新冠病毒的核酸对比工作#xff1b;同时将向医疗科研机构、疾控中心等一线病毒研究机构免费开放基因计算服务#xff0c…本文转载自CSDN博主「L-JingJing」的原创文章
近日阿里云对外宣布其容器服务调度GPU云服务器启动加速计算最快只需60秒即可完成新冠病毒的核酸对比工作同时将向医疗科研机构、疾控中心等一线病毒研究机构免费开放基因计算服务技术可大幅提升宏基因组测序、疫苗研发相关的处理效率。
基于此晶少专程采访了阿里云基因计算服务AGS负责人、高级技术专家李鹏集中呈现针对GPU和容器技术大幅提升核酸比对速度的有关细节以及关于阿里云基因计算服务AGS的诸多信息。 据晶少了解本次阿里云基因计算服务AGS病毒比对能力-mNGS宏基因组比对从设计、研发、验证到最终上线只用了短短20几天但李鹏所在团队却每天肩负着艰苦卓绝的工作。很关键的一个出发点在于除了提供针对新冠肺炎病毒中mNGS宏基因组测序数据的快速比对能力之外更重要的是让研究机构更专注业务创新而不是数据本身的重复处理工作这其中就涉及到了生物类型计算解决方案所具有的鲜明特殊性。
晶少生物计算解决方案有一定的特殊性相比其他类型的技术解决方案有何不同
阿里云基因计算服务AGS负责人、高级技术专家李鹏不同于常规的计算基因计算对海量数据计算和存储能力有很高的要求主要通过容器计算的自动伸缩特性和阿里云ECS自动伸缩能力的打通这才能让AGS具备大规模调度云上计算资源的能力。具体来说通过特定算法对基因数据进行合理切分后可实现大规模的并行计算以及处理TB级别的样本数据。
过去的基因计算服务以集群化混合云弹性为主的AGS工作流服务。但在走过的两年时间里阿里云提供了基于容器混合云的基因计算方案整体技术是混合云架构下的云原生容器达成云上云下资源一体跨地域集群统一管理。2020年在以往技术沉淀基础上阿里云升级了AGS的能力用公共云API化服务做到即开即用、用完即走以这次的病毒检测为例在提供了自定义病毒库灵活性的基础上又使得调用的无服务化一次调用即能产出比对的最终数据结果并返给用户。
实时荧光定量PCRRT-PCR和病原宏基因测序mNGS是最早用于确诊新冠病毒感染的方法。由于两项技术各有优劣联合使用方能实现互补。
RT-PCR是目前新冠病毒的核酸检测主流方法成本较低操作简便。现已有众多新冠病毒RT-PCR试剂盒可选但由于病毒浓度和试剂盒质量问题其结果出现假阴性较高导致医生和患者往往需要重复多次检测和长时间等待检测结果。
mNGS的技术优势可通过一次检测便能排查所有已知的病原体有效避免重复采样的麻烦操作以及多次检测筛查所需大量样本难以实现的问题。当病毒经过数代传播还会产生变异mNGS也是较为有效的追踪方案配合病毒库可精准确定病毒的代际关系甚至找到病毒源发地。基于mNGS基因序列比对的分析方式一旦病原体的基因组已知通过更新数据库就可实现高效准确检测出相似病毒的功能同时对新型病毒以外的其他病原及混合感染进行综合鉴定。但mNGS的缺点是成本较高需要测序仪和专业的生信分析并且操作复杂、检测时间相对较长因此无法实现大范围推广和快速诊断。
如今通过使用阿里云容器服务科研人员只需在阿里云上通过命令行AGS rna-mapping API 启动比对过程随即阿里云容器服务调度GPU云服务器启动加速计算60秒内即可得到高质量匹配reads的数据和初步质量报告为多种病原体检测和进一步的新冠病毒蛋白质研究及变异研究提供快速准确的数据支撑。
基于此我们发现本次阿里云方面提供的云服务与以往显著不同“全套”思想贯穿其中也就是说所使用的机构不再需要购买额外计算资源更不用关心如何搭建集群以及考虑算法和网络等诸多问题只需将数据放入对象存储中并上传等待授权完成后即可调用云服务来处理数据产出结果并生成有关报告“既开即用、用完即走”的特质表现突出。
另外AGS在处理测序仪下机数据的比对、排序、变异检测等环节拥有目前云上最快的加速比可以达到普通CPU处理速度的百倍同时又保持了BWAGATK等主流金标准软件的精度和召回率大幅度降低了计算的成本性价比十分可观也足见其技术探索的功底深厚但究竟是何种机缘促成了容器技术与基因计算间的火花迸发
晶少何时何种契机开始针对容器技术加速基因计算做有关探索的这种API调用更多意味着什么
阿里云基因计算服务AGS负责人、高级技术专家李鹏我们观察到容器技术一方面在数据分拆、质量控制、Call 变异提供了标准化流程化、加速、弹性、鉴权、观测、度量等能力另一方面高价值挖掘需要借助容器化的机器学习平台和并行框架完成大规模线性代数计算建立模型实现精准医疗。过去的两年中AGS一直在行业里通过集群化、混合云弹性为主的AGS工作流服务方式帮助大型的基因测序企业完成当日处理100TB以上的数据的1年数十PB数据的处理任务成果显著。
而这种API化的尝试确实能够有效帮助用户摆脱集群的复杂性资源创建和维护的代价以极少的存储成本就可以完成任意数量的按需计算需求成本支出只需要按照处理的数据量和计算量来支付 实现真正的无服务化和Pay as you go。
有消息表明阿里云其实早在疫情严峻阶段就宣布向新冠疫苗研发科研机构免费提供一切AI算力目前已收到了包括浙江大学医学院、GHDDI全球健康药物研发中心、清华大学医学院、北京大学医学院等国内外数十家权威科研机构的申请第一批申请的算力资源已部署上线、不断为疫苗研发提速加码但个中情况具体如何呢
晶少目前对外申请算力部署的整体情况如何效果怎样后续的服务支持有哪些具体方面未来在助力疫苗药品研制方向有何规划
阿里云基因计算服务AGS负责人、高级技术专家李鹏目前AGS已经开通了国内的多个地区的服务特别是北京、深圳、杭州等都有大型基因公司开始生产使用另外国外的多个地区也开通了服务例如法兰克福等疫情重灾区也可以访问到AGS服务。
晶少新冠状病毒疫情发生后为了帮助抗攻击疫情阿里云免费向全球公共科研机构提供高性能计算、SCC 超级计算集群和 CPU/GPU 机器、云超算及 AI 等技术包括助力在E-HPC云超算上进行药物研发等这与AGS关系如何AGS在阿里云技术的对外输出中占据了何种位置或者扮演了怎样的角色
阿里云基因计算服务AGS负责人、高级技术专家李鹏AGS主要定位于公有云的开箱即用的Serverless服务提供给各个生态伙伴例如基因公司、研究机构、学校等PaaS服务是可以被集成在各种云端SaaS应用中来实现效率的百倍提升和成本的大幅缩减。当然E-HPC也是阿里云中很有优势的产品线主要面向科研机构做高分子分析等高性能计算当然科研机构、疾控中心可以同时使用AGS和E-HPC来形成科研项目互补并不冲突。
采访接近尾声可以想见的一点未来AGS基因计算会继续朝着Serverless与按量付费、按需弹性的持续被集成的路线发展有幸提供各种人类基因组、动植物以及病毒等基因的加速处理云服务。总体来看随着测序成本、计算成本以及分析成本的持续下降人们有理由相信基因测序和精准医疗在不远的将来将进入到普通人的常规健康服务列表中人类对自身基因认知的深入必然推动寿命提升以及战胜各种疾病的可能云计算服务AGS会推动国内乃至世界范围内普惠精准医疗早日到来。
战疫之下究竟还有哪些黑科技亟待被发掘我们更多只需拭目以待
