网站文章可以做外链吗,莱芜网站优化有哪些,兰州新区建站,网站安全建设的重要性当数据量较大时#xff0c;用MrBayes进行计算通常是旷日持久的事情#xff0c;几天甚至几个月。中间如果断电死机什么的发生就很令人发狂了。于是 MrBayes 3.2 svn 版增加了一个断点保存的功能#xff0c;死机后可以从保存的断点处继续计算。只要在mcmc命令中加入checkfreqn… 当数据量较大时用MrBayes进行计算通常是旷日持久的事情几天甚至几个月。中间如果断电死机什么的发生就很令人发狂了。于是 MrBayes 3.2 svn 版增加了一个断点保存的功能死机后可以从保存的断点处继续计算。只要在mcmc命令中加入checkfreqn (n为保存断点间隔的代数参数即可保存断点下次从断点继续运算时在mcmc 命令中加入appendyes参数即可. 碰巧的是前些天不知道谁把我用来计算的那台服务器的电源碰掉了我那已经算了20多天的任务啊.....! 想砍人之余又庆幸事前曾经设置了断点保存。可是当我在mcmc 命令中加入appendyes参数以恢复运算时不幸的事还是发生了MrBayes报错并停止A maximum of 2000 characters is allowed on a single line, The longest line of the file xxx contains at least one line with 58000 characters. 当时就有欲哭无泪的感觉啊。稍稍平复一下心情决定还是从程序的源代码查起吧希望不是一个与算法有关的大bug(小修小改能搞定跟算法有关的话短时间就没办法搞了)拿出错消息grep一下所有的源文件发现问题在这里 trunk/src/command.c-3211- /* find length of longest line */trunk/src/command.c-3212- longestLineLength LongestLine (fp);trunk/src/command.c-3213- MrBayesPrint (%s Longest line length %d\n, spacer, longestLineLength);trunk/src/command.c-3214- longestLineLength 50;trunk/src/command.c-3215- trunk/src/command.c:3216: /* check that longest line is not longer than CMD_STRING_LENGTH */trunk/src/command.c:3217: if (longestLineLength CMD_STRING_LENGTH - 100)trunk/src/command.c-3218- {trunk/src/command.c:3219: MrBayesPrint (%s A maximum of %d characters is allowed on a single line\n, spacer, CMD_STRING_LENGTH - 100);trunk/src/command.c-3220- MrBayesPrint (%s in a file. The longest line of the file %s\n, spacer, inputFileName);trunk/src/command.c-3221- MrBayesPrint (%s contains at least one line with %d characters.\n, spacer, longestLineLength);trunk/src/command.c-3222- nErrors;trunk/src/command.c-3223- }trunk/src/command.c-3224-# if defined (MPI_ENABLED) 原来最长行的字符数被 CMD_STRING_LENGTH 所限制。grep搜CMD_STRING_LENGTH在mb.h中找到trunk/src/mb.h-250-#define OMEGA_MAX 1000000.0ftrunk/src/mb.h-251-trunk/src/mb.h-252-#define POS_INFINITY 1E25f;trunk/src/mb.h-253-#define NEG_INFINITY -1000000.0ftrunk/src/mb.h-254-trunk/src/mb.h:255:#define CMD_STRING_LENGTH 200000trunk/src/mb.h-256- 原来 CMD_STRING_LENGTH 被限制到了20000该值已经大大不能符合我的数据要求了。于是操刀将其放大10倍改为200000。重新编译MrBayes, 再次从断点处回复执行, OK熟悉的计算过程又回来了。20多天的计算总算没白费。 转载于:https://www.cnblogs.com/agateriver/archive/2010/05/31/1748373.html
