网站开发工具发展史,软文发布平台排名,安卓app开发实验报告,建电商网站要多少钱occ_search最全最详细的参数解读 occ_search有什么作用#xff1f;occ_search有哪些参数#xff1f;occ_search的参数使用#xff1f;aa. 通过名称完成筛选的参数1. taxonKey#xff08;用于检索的类群的标识符#xff09;2. scientificName#xff08;用于检索的类群的科… occ_search最全最详细的参数解读 occ_search有什么作用occ_search有哪些参数occ_search的参数使用aa. 通过名称完成筛选的参数1. taxonKey用于检索的类群的标识符2. scientificName用于检索的类群的科学名3. search额外的检索条件4. verbatimScientificName通过数据记录来源提供的名称进行筛选 bb. 通过位置完成筛选的参数5. country记录来源的国家代码6. publishingCountry与country相同7. hasCoordinate通过记录是否具有坐标数据进行筛选8. continent通过记录的大陆信息进行筛选9. geometry通过自定义的地理多边形筛选10. geom_big当geometry过长时与geometry配合使用11. geom_size当geometry过长时与geom_big配合使用12. geom_n当geometry过长时与geom_big配合使用13. decimalLatitude通过纬度范围进行筛选14. decimalLongitude通过经度范围进行筛选15. hasGeospatialIssue通过检查数据记录的空间信息进行筛选16. stateProvince通过数据记录的国家小一级的行政区域进行筛选17. waterBody通过数据记录所在水体的名称进行筛选18. locality通过数据记录所在地的描述进行筛选19. gadmGid通过gadm标识符进行筛选20. coordinateUncertaintyInMeters通过坐标的误差进行筛选21. distanceFromCentroidInMeters cc. 通过状态完成筛选的参数22. typeStatus通过记录的模式标本状态进行筛选23. basisOfRecord通过数据记录的自然状态进行筛选24. mediaType通过媒体的类型进行筛选25. degreeOfEstablishment根据生物体活动信息进行筛选26. occurrenceStatus27. iucnRedListCategory根据红色名录进行筛选 dd. 通过编号完成筛选的参数28. recordNumber通过数据采集者指定的记录编号进行筛选29. eventId通过采样事件的标识符进行筛选30. networkKey通过网络密钥进行筛选 ee. 通过时间完成筛选的参数31. lastInterpreted通过数据的最新变动时间进行筛选32. eventDate与lastInterpreted相同33. year通过年份进行筛选34. month通过月份进行筛选 ff. 通过人员完成筛选的参数35. recordedBy通过数据记录的采集者进行筛选36. recordedByID通过数据记录采集者的标识符进行筛选37. identifiedByID通过数据记录的分类鉴定者的标识符进行筛选38. identifiedBy通过人员、团体或机构的名称进行筛选 gg. 通过数据集完成筛选的参数39. datasetKey通过数据集的uuid标识符进行筛选40. catalogNumber通过实物集合的标识符进行筛选 hh. 通过高度完成筛选的参数41. elevation通过数据记录的海拔信息进行筛选42. depth通过数据记录的海拔深度信息进行筛选 ii. 通过来源完成筛选的参数43. institutionCode通过数据记录所属的机构进行筛选44. collectionCode通过数据记录所属的机构进行筛选45. repatriated通过数据记录的发布地和采集地进行筛选46. establishmentMeans通过数据记录的传入途径进行筛选47. publishingOrg48. isInCluster jj. 通过争议完成筛选的参数49. issue通过数据记录的争议之处进行筛选 kk. 通过分类完成筛选的参数50. subgenusKey通过亚属的分类标识符进行筛选51. phylumKey通过阶元门的标识符进行筛选52. kingdomKey通过阶元界的标识符进行筛选53. classKey通过阶元纲的标识符进行筛选54. orderKey通过阶元目的标识符进行筛选55. familyKey通过阶元科的标识符进行筛选56. genusKey通过阶元属的标识符进行筛选57. speciesKey通过阶元种的标识符进行筛选58. verbatimTaxonId通过数据发布者提供的分类标识符进行筛选59. occurrenceId通过来源的数据记录标识符进行筛选 ll. 通过协议完成筛选的参数60. protocol通过数据记录的协议进行筛选61. license通过数据集或记录的许可类型进行筛选 mm. 通过生物体完成筛选的参数62. organismId63. organismQuantity64. organismQuantityType65. relativeOrganismQuantity66. lifeStage nn. 通过返回条件进行筛选的参数67. limit限制返回的记录数量68. start返回记录的起始位置69. fields返回记录的条目70. facet71. facetMincount72. facetMultiselect73. skip_validate74. curlopts75. ... occ_search有什么作用
occ_search是rgbif包中非常重要的用于获取物种发现记录的函数。在R语言【rgbif】——用rgbif下载物种分布数据rgbif包的初步探索中可以发现occ_search作为获取数据的压轴步骤发挥了关键作用。 occ_search有哪些参数
occ_search(taxonKey NULL,scientificName NULL,country NULL,publishingCountry NULL,hasCoordinate NULL,typeStatus NULL,recordNumber NULL,lastInterpreted NULL,continent NULL,geometry NULL,geom_big asis,geom_size 40,geom_n 10,recordedBy NULL,recordedByID NULL,identifiedByID NULL,basisOfRecord NULL,datasetKey NULL,eventDate NULL,catalogNumber NULL,year NULL,month NULL,decimalLatitude NULL,decimalLongitude NULL,elevation NULL,depth NULL,institutionCode NULL,collectionCode NULL,hasGeospatialIssue NULL,issue NULL,search NULL,mediaType NULL,subgenusKey NULL,repatriated NULL,phylumKey NULL,kingdomKey NULL,classKey NULL,orderKey NULL,familyKey NULL,genusKey NULL,speciesKey NULL,establishmentMeans NULL,degreeOfEstablishment NULL,protocol NULL,license NULL,organismId NULL,publishingOrg NULL,stateProvince NULL,waterBody NULL,locality NULL,occurrenceStatus PRESENT,gadmGid NULL,coordinateUncertaintyInMeters NULL,verbatimScientificName NULL,eventId NULL,identifiedBy NULL,networkKey NULL,verbatimTaxonId NULL,occurrenceId NULL,organismQuantity NULL,organismQuantityType NULL,relativeOrganismQuantity NULL,iucnRedListCategory NULL,lifeStage NULL,isInCluster NULL,distanceFromCentroidInMeters NULL,limit 500,start 0,fields all,return NULL,facet NULL,facetMincount NULL,facetMultiselect NULL,skip_validate TRUE,surlopts list(http_version 2),...
)occ_search的参数使用
aa. 通过名称完成筛选的参数
1. taxonKey用于检索的类群的标识符 要求传递的标识符是数值型的而且是GBIF可接受的。 检索时不区分接受类群和异名类群当使用taxonKey212来检索鸟纲时会返回所有种类的鸟。 也可以同时传递多个标识符比如occ_search(taxonKeyc(1,212))。
2. scientificName用于检索的类群的科学名
检索时不区分接受类群和异名类群。
3. search额外的检索条件
要求传递字符型。可以是一个简单的单词或短语。
4. verbatimScientificName通过数据记录来源提供的名称进行筛选
要求传递字符型。
bb. 通过位置完成筛选的参数
5. country记录来源的国家代码
要求传递的国家代码是字符型。ISO-3166-1规定的双字母国家代码。运行**enumeration_country()**可以查看所有国家的双字母代码。或者查看enu_cty.csv。
6. publishingCountry与country相同
7. hasCoordinate通过记录是否具有坐标数据进行筛选
要求传递逻辑型TRUE或FALSE默认值。为TRUE时只返回含有经纬度数据的记录。为FALSE时不加筛选地返回所有记录。
8. continent通过记录的大陆信息进行筛选
GBIF支持的大陆包括 “africa”“antarctica”“asia”“europe”“north_america”“oceania”“south_america” 记录中的大陆信息是数据集发布者添加的所以以此参数进行筛选可能会遗漏许多记录。
9. geometry通过自定义的地理多边形筛选 要求传递字符型。 在Well Known TextWKT格式的多边形中检索记录。 WKT形状的写法包括 “POINT”“LINESTRING”“LINEARRING”“POLYGON”“MULTIPOLYGON” 请注意GBIF要求WKT的逆时针绕制顺序。您可以按顺时针方向提供WKT但GBIF将其视为排除项因此您将获得不在WKT区域内的所有数据。 当处理 长WKT字符串1500个字符 时可以通过参数geom_big进行设置 asis此值为默认值。不做任何处理只传递WKT字符串。axe这个选项将使用sf包将WKT字符串切割成数个多边形然后根据每个多边形块单独进行数据请求然后将所有数据组合在一起返回。请注意如果WKT字符串不是多边形类型将退回到asis因为没有办法分割线字符串等。这个选项在大多数情况下会比其他两个选项慢。但是这种多边形分割方法不会像使用bbox选项那样存在想要多少记录和实际返回多少记录之间脱节的问题。该方法使用sf::st_make_grid和sf::st_intersection它们有两个参数cellsize和n。您可以通过调整geom_size和geom_n来调整这些参数。在切换返回的WKT字符串的数量方面geom_size似乎更有用。请参阅wkt_parse手动从较大的WKT字符串中分解WKT边界框或者将较大的WKT字符串分解为许多较小的WKT字符串。bbox这个选项检查您的WKT字符串是否超过1500个字符如果是先从WKT创建一个边界框使用该边界框进行GBIF搜索然后将结果数据修剪为仅在原始WKT字符串中出现的数据。但有一个注意事项。因为先从WKT创建了一个边界框并且limit参数确定了要获取的记录子集所以当我们将结果数据修剪到WKT时您获得的记录数量可能少于您使用limit参数设置的记录数量。但是您可以将限制设置得足够高以便获得在该边界框中找到的所有记录然后您将获得WKT中可用的所有记录。
10. geom_big当geometry过长时与geometry配合使用
要求传递字符型从以下三个选项中任选其一 “asis”默认值“axe”“bbox”
11. geom_size当geometry过长时与geom_big配合使用
要求传递整数型。指定分割的单元格数量。默认为40。
12. geom_n当geometry过长时与geom_big配合使用
要求传递整数型。指定每个维度的分割的单元格数量。默认为10。
13. decimalLatitude通过纬度范围进行筛选
要求传递字符型。基于WGS84的-90和90之间的小数纬度。支持范围检索按照 ‘低纬度高纬度’ 格式比如‘2530’。
14. decimalLongitude通过经度范围进行筛选
要求传递字符型。 基于WGS84的-180和180之间的小数经度。 支持范围检索按照 ‘小经度大经度’ 格式比如‘-0.4-0.2’。
15. hasGeospatialIssue通过检查数据记录的空间信息进行筛选
要求传递逻辑型。包括/排除包含空间问题的事件记录(在我们的记录解释中确定)即hasGeospatialIssueTRUE只返回那些有空间问题的记录而hasGeospatialIssueFALSE只包括没有空间问题的记录。如果没有此参数则返回任何有或没有空间问题的记录。
16. stateProvince通过数据记录的国家小一级的行政区域进行筛选
要求传递字符型。
17. waterBody通过数据记录所在水体的名称进行筛选
要求传递字符型。
18. locality通过数据记录所在地的描述进行筛选
要求传递字符型。
19. gadmGid通过gadm标识符进行筛选
要求传递字符型。数据记录所期望的区域的gadm标识符。
20. coordinateUncertaintyInMeters通过坐标的误差进行筛选
0-1,000,000之间的数字或范围用于指定所需的坐标误差。coordinateUncertaintyInMeters1000将返回所有恰好为1000m的记录。支持范围检索按照**‘小值大值’**的格式比如‘100010000’。
21. distanceFromCentroidInMeters
一个数字或范围数值“2000*”表示距离已知质心至少2公里。值“0”表示恰好发生在已知质心上。值“0,2000”表示在质心的2公里范围内。最大值为5000。
cc. 通过状态完成筛选的参数
22. typeStatus通过记录的模式标本状态进行筛选
GBIF拥有40种状态类型可以通过加载rgbif包中的 /assets/typestatus.csv 查看它们的名称以及描述。
23. basisOfRecord通过数据记录的自然状态进行筛选
要求传递字符型。从以下选项中任选其一 “FOSSIL_SPECIMEN”“HUMAN_OBSERVATION”“MATERIAL_CITATION”“MATERIAL_SAMPLE”“LIVING_SPECIMEN”“MACHINE_OBSERVATION”“OBSERVATION”“PRESERVED_SPECIMEN”“OCCURRENCE”
24. mediaType通过媒体的类型进行筛选
要求传递字符型从以下三个选项中任选其一 “MovingImage”默认值“Sound”“StillImage”
25. degreeOfEstablishment根据生物体活动信息进行筛选
要求传递字符型。提供有关生物体在给定地点和时间存活、繁殖和扩展范围的程度的信息。
26. occurrenceStatus
要求传递字符型。提供的选项包括 “PRESENT”默认值“ABSENT”
27. iucnRedListCategory根据红色名录进行筛选
要求传递字符型。提供的濒危状态有 “NE”尚未评估。“DD”缺少数据。“LC”无需关注。“NT”近乎濒危。“VU”易濒危种。“EN”濒危物种。“CR”极度濒危。“EX”绝灭物种。“EW”野外绝灭。
dd. 通过编号完成筛选的参数
28. recordNumber通过数据采集者指定的记录编号进行筛选
要求传递字符型。数据采集者指定的记录编号与GBIF的记录编号不是一回事。
29. eventId通过采样事件的标识符进行筛选
要求传递字符型。
30. networkKey通过网络密钥进行筛选
要求传递字符型。将分类单元分配给主题的事件网络密钥(uuid)。
ee. 通过时间完成筛选的参数
31. lastInterpreted通过数据的最新变动时间进行筛选
要求传递字符型。GBIF中记录最后修改的日期ISO 8601的时间格式yyyyyyyy-MMyyyy-MM-ddMM-dd。支持时间段检索按照 ‘小年份大年份’ 格式比如‘19901991’。
32. eventDate与lastInterpreted相同
33. year通过年份进行筛选
要求传递字符型。四位数的年份。但输入98仍可被解释为公元98年。支持时间段检索按照 ‘小年份大年份’ 格式比如‘19901991’。
34. month通过月份进行筛选
要求传递字符型。一年中的月份以1开头表示1月。支持时间段检索按照 ‘小月份大月份’ 格式比如‘12’。
ff. 通过人员完成筛选的参数
35. recordedBy通过数据记录的采集者进行筛选
要求传递字符型。
36. recordedByID通过数据记录采集者的标识符进行筛选
要求传递字符型。
37. identifiedByID通过数据记录的分类鉴定者的标识符进行筛选
要求传递字符型。
38. identifiedBy通过人员、团体或机构的名称进行筛选
要求传递字符型。
gg. 通过数据集完成筛选的参数
39. datasetKey通过数据集的uuid标识符进行筛选
要求传递字符型。可以在数据集页面url中找到。
40. catalogNumber通过实物集合的标识符进行筛选
要求传递字符型。由记录的实物集合或数字数据集中的来源分配的任何形式的标识符它可能不是唯一的但与机构和集合代码结合起来应该是相当唯一的。
hh. 通过高度完成筛选的参数
41. elevation通过数据记录的海拔信息进行筛选
要求传递字符型。以米为单位的海拔。支持范围检索按照**‘低海拔高海拔’**格式比如‘530’。
42. depth通过数据记录的海拔深度信息进行筛选
要求传递字符型。相对于海拔的深度以米为单位。例如在给定海拔的湖面下方10米处。 支持范围检索按照**‘低值高值’**格式比如‘530’。
ii. 通过来源完成筛选的参数
43. institutionCode通过数据记录所属的机构进行筛选
要求传递字符型。由来源指定的任何形式的标识符用以标识该记录所属的机构。
44. collectionCode通过数据记录所属的机构进行筛选
要求传递字符型。由来源指定的任何形式的标识符用于在机构文本中唯一地标识物理集合或数字数据集。
45. repatriated通过数据记录的发布地和采集地进行筛选
要求传递字符型。搜索出版国家与记录所在国不同的记录。
46. establishmentMeans通过数据记录的传入途径进行筛选
要求传递字符型。提供关于一种或多种生物体是否通过现代人类的直接或间接活动被引入到特定地点和时间的信息。提供的选项有 “Introduced”“Native”“NativeReintroduced”“Vagrant”“Uncertain”“IntroducedAssistedColonisation”
47. publishingOrg
要求传递字符型。发布组织的标识符UUID。
48. isInCluster
要求传递逻辑型。识别GBIF上潜在的相关记录。
jj. 通过争议完成筛选的参数
49. issue通过数据记录的争议之处进行筛选
要求传递字符型。每个事件记录中可能出现的一个或多个争议之处。按争议之处筛选结果。有关可以使用的选项请参阅GBIF Issues Flags和OccurrenceIssue。
kk. 通过分类完成筛选的参数
50. subgenusKey通过亚属的分类标识符进行筛选
要求传递数值型。
51. phylumKey通过阶元门的标识符进行筛选
要求传递数值型。
52. kingdomKey通过阶元界的标识符进行筛选
要求传递数值型。
53. classKey通过阶元纲的标识符进行筛选
要求传递数值型。
54. orderKey通过阶元目的标识符进行筛选
要求传递数值型。
55. familyKey通过阶元科的标识符进行筛选
要求传递数值型。
56. genusKey通过阶元属的标识符进行筛选
要求传递数值型。
57. speciesKey通过阶元种的标识符进行筛选
要求传递数值型。
58. verbatimTaxonId通过数据发布者提供的分类标识符进行筛选
要求传递字符型。
59. occurrenceId通过来源的数据记录标识符进行筛选
要求传递字符型。
ll. 通过协议完成筛选的参数
60. protocol通过数据记录的协议进行筛选
要求传递字符型。
61. license通过数据集或记录的许可类型进行筛选
要求传递字符型。提供的选项有 “CC0_1_0”“CC_BY_4_0”“CC_BY_NC_4_0”
mm. 通过生物体完成筛选的参数
62. organismId
生物体实例的标识符(相对于生物体的特定数字记录)。可以是全局唯一标识符或特定于数据集的标识标识符。
63. organismQuantity
指定所需生物体数量的数字或范围。organmquantity 5将解释为所有恰好为5的记录。支持范围检索按照**‘低值高值’**格式比如‘530’。
64. organismQuantityType
要求传递字符型。生物体的类型。比如“individuals或biomass”。
65. relativeOrganismQuantity
要求传递数值型。
66. lifeStage
要求传递数值型。数据记录的发育阶段。
nn. 通过返回条件进行筛选的参数
67. limit限制返回的记录数量
默认值:500。请注意每个请求的最大值是300但由于我们将该函数的最大值设置为500因此我们执行两个请求来获得500条记录(如果有那么多)。请注意有一个100,000的硬最大值它被计算为limitstart因此start99,000和limit2000将不起作用。
68. start返回记录的起始位置
与限制页面浏览结果结合使用。注意我们在内部为您执行分页操作但是您可以手动设置start参数。
69. fields返回记录的条目
要求传递字符型。Default (’ all ‘)返回所有字段。’ minimal ‘只返回分类名、标识符、datasetKey、纬度和经度。或者指定您希望通过名称返回的每个字段例如fields c(’ name ’ latitude ’ elevation )。
70. facet
要求传递字符型。长度大于等于1的字符向量。必需的。
71. facetMincount
要求传递数值型。要包含在切面结果中的最小记录数
72. facetMultiselect
要求传递逻辑型。设置为TRUE仍然返回当前未过滤的值的计数。
73. skip_validate
要求传递逻辑型。是否跳过wellknown::validate_wkt调用。传递给check_wkt()。默认值TRUE。
74. curlopts
传递给HttpClient的命名curl选项列表。有关curl选项请参见curl::curl_options。
75. …
additional facet parameters。
