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今天学习aPEAR包绘制KEGG和GO功能富集网络图用起来还是比较方便的直接将clusterProfiler富集结果进行绘制对人类、动物等分析结果非常方便。对于模式植物使用自己制作的GO或KEGG背景文件进行富集分析理论上也是可行的今天尝试一下没成功后面继续进行尝试。
教程原文网址aPEAR包绘制功能富集网络图(点击链接)
学习网址
Github (点击即可进入)
https://github.com/kerseviciute/aPEAR2. https://cloud.r-project.org/(点击即可进入)
基础教程
根据的官方教程使用aPEAR包绘制富集网络图是很方便的尤其是人类、动物等。
安装aPEAR包
##安装aPEAR包
library(devtools)
install_github(ievaKer/aPEAR)加载所需的包
library(aPEAR)
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
library(DOSE)
library(ggplot2)加载数据
##加载测试数据
data(geneList)
##查看数据
head(geneList)功能富集
##进行功能富集
enrich - gseGO(geneList, OrgDb org.Hs.eg.db, ont CC)
##查看富集结果绘图
enrichmentNetwork(enrichresult, drawEllipses TRUE, fontSize 2.5)根据p值修改颜色
enrichmentNetwork(enrichresult,
colorBy pvalue,
colorType pval,
pCutoff -5)根据ggplot修改颜色
enrichmentNetwork(enrichresult, colorBy pvalue, colorType pval)scale_color_gradientn(colours c(#B83D3D,white,#1A5592),name pvalue)8. Visualize pathway clusters with plotPathClusters()
set.seed(238923)
plotPathClusters(enrichment enrichresult,sim clusters$similarity,clusters clusters$clusters,fontSize 4,outerCutoff 0.01, # Decrease cutoff between clusters and show some connectionsdrawEllipses TRUE
)参考
https://github.com/kerseviciute/aPEARhttps://cloud.r-project.org/web/packages/aPEAR/vignettes/aPEAR-vignette.htmlhttps://mp.weixin.qq.com/s/GVOyfghR0ELLRZLZmTrzewhttps://mp.weixin.qq.com/s/wnNhYP5QJ7afs_X28j7nnA
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