当前位置: 首页 > news >正文

广东工程承包网站中国flash网站模板

广东工程承包网站,中国flash网站模板,wordpress采集淘宝商品,企业官方网站地址怎么填本有解决标题中的两个问题 1.答案是修改不了#xff0c;不如重新制作一个seurat对象。 试图使用rownames#xff08;obj#xff09;featurenames是不成功的 记录 客户需求遇到一个问题#xff1a;作者提供的rds文件行名为ensemble id#xff0c;如何改成gene symbol。 …本有解决标题中的两个问题 1.答案是修改不了不如重新制作一个seurat对象。 试图使用rownamesobjfeaturenames是不成功的 记录 客户需求遇到一个问题作者提供的rds文件行名为ensemble id如何改成gene symbol。 作者提供的rds文件如下所示 同时发现作者也提供了相对应的gene symbol 如果直接使用作者提供的rds文件画图的话 FeaturePlot(All.merge,features ENSG00000177613) 如何把行名改为gene symbol呢 去github发现有人提供了一个RenameGenesSeurat函数 #https://github.com/satijalab/seurat/issues/757 #https://github.com/satijalab/seurat/issues/235 仔细阅读该函数发现本质就是把countsDimnames[[1]] 和dataDimnames[[1]] 还应该有scale.dataDimnames[[1]] 的名字改为gennesymbol 这里我把scale.dataDimnames[[1]]注释掉是因为我这个rds文件中的scale.data为空值否则会报错的 RenameGenesSeurat - function(obj ls.Seurat[[i]], newnames HGNC.updated[[i]]$Suggested.Symbol) { # Replace gene names in different slots of a Seurat object. Run this before integration. Run this before integration. It only changes objassays$RNAcounts, data and scale.data. print(Run this before integration. It only changes objassays$RNAcounts, data and scale.data.) RNA - objassays$RNAif (nrow(RNA) length(newnames)) { print(ensemble_id lengthgenesybol length) if (length(RNAcounts)) RNAcountsDimnames[[1]] - newnames if (length(RNAdata)) RNAdataDimnames[[1]] - newnames # if (length(RNAscale.data)) RNAscale.dataDimnames[[1]] - newnames } else {Unequal gene sets: nrow(RNA) ! nrow(newnames)} objassays$RNA - RNA return(obj)} subset_dataRenameGenesSeurat(obj subset_data, newnames subset_dataassays$RNAmeta.features$feature_name) 这样的话就把gene symbol改成功了 但是 如果你运行FindMarkers或者findallmakers函数的话还是会报错的。应该是因为FindMarkers运行时候需要使用rownames而我们的rownames此时在不同的slot中可能是不一样的。 所以呀 对于这种rds文件开始先别改行名全部用自带的ensemble id。可视化的时候再使用RenameGenesSeurat函数修改基因。 否则会一直报错到怀疑人生。 其实最好的办法可能是把count提取出来自己制作rds文件这样就不会有各种报错啦。 在最开始的时候就把可能报错的小火苗掐灭。 FeaturePlot个性化需求如何把所有阳性表达的spot放到图的前面 常规画图的话Seurat::FeaturePlot(objectAll.merge, featuresGAPDH, label T,rasterFALSE,repel T,split.by group ) ACTB好像齐一点 所有阳性表达的spot放到图的前面结果和方法如下其实就是对细胞进行重新排个序 #https://github.com/satijalab/seurat/issues/757#https://github.com/satijalab/seurat/issues/235##################gene plot_bring the postitive dots to the fronts# First, the usual command to make the feature plots and return the ggplot2 objectsfp - Seurat::FeaturePlot(objectAll.merge, featuresGAPDH, label T,rasterFALSE,repel T, split.by group )fp[[1]]$data$GAPDH# Here, fp is a list of objects, one per feature plot # Then, re-order the data dataframe in increasing order of gene expressionsfor (i in 1){ fp[[i]]$data - fp[[i]]$data[order(fp[[i]]$data$GAPDH),]}fp 可以看到两个方法 视觉差异还是挺大的
http://wiki.neutronadmin.com/news/204751/

相关文章:

  • 临沂网站建设吧广州网页制作
  • 国外个人网站模板签了外包合同被辞退有补偿吗
  • 在中国做外国网站怎么收钱php网站开发的成功经历
  • 网站管理平台模板网站建设最重要的是什么
  • 上海网站建设网站游戏petit模板wordpress
  • 招标网站排行榜wordpress ftp附件
  • 我要做个网站做学校的网站推广发展前景
  • 支付宝网站支付接口毕节网站开发
  • 微信公众号链接网站怎么做开发一款app需要哪些技术
  • 宁波网站制作方案朔州企业网站建设
  • 外语网站建设如何开发软件?
  • c 做网站怎么居中网站开发与实践题库
  • 手机网站建设联系方式哪家做网站最好
  • 南充网站网站建设企信网企业信用信息系统黑龙江
  • 论坛网站备案美工做网站怎么收费
  • 网站域名登陆地址查询郑州做网站哪家便宜
  • 知乎 上海做网站的公司网站seo 文章转载 修改标题
  • 静安企业网站建设wordpress 4.6.1
  • 苏州相城区网站建设wordpress内存
  • 个人博客网站总结网站建设改革情况汇报
  • 建站网页模板南京网站设计网站建设
  • 做淘宝客网站好搭建吗?昆明做网站那家好
  • 厦门有什么网站制作公司进入公众号即弹出图文
  • 建站兔软件常见问题最珠海app
  • 专门做相声的网站开发者选项在哪小米
  • 网站流程示意资源网官网
  • 北京市住房及城乡建设部网站好看的网站ui
  • 网站 黑白上海建设公司注册
  • 你在四川省建设安全与质量监督网站以下哪些是网页制作工具
  • 网站建设合同违约条款电子商务网站有哪些和网址