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https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast/LATEST/2、解压#xff0c;配置环境变量
tar zvxf ncbi-blast-2.14.1-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast 配置环境变量#xff0c;可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用#xff08;本次使用绝对路径/LATEST/2、解压配置环境变量
tar zvxf ncbi-blast-2.14.1-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast 配置环境变量可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用本次使用绝对路径
vim ~/.bashrc 将下面添加道最后, dir 是解压文件所在的绝对路径export BLAST_HOME/dir/blast
export PATH$PATH:/dir/blast/bin使配置生效source ~/.bashrc测试安装结果blastn -version 如果显示版本信息则说明可正常使用 3、创建数据库 在/dir/blast 下创建文件夹 db/mydb 用来存放不同的数据库
构建数据库initdb.fasta 是用来构建数据库的源文件 #绝对路径调用直接使用makeblastdb命令调用可能出现找不到命令的问题可能是环境变量没有配置好/dir/blast/bin/makeblastdb -in /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -dbtype prot
结果 4、测试搜索 test.fasta 是测试序列文件 #采用绝对路径调用#结果输出到终端/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6#结果输出到文件/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6 -out /dir/blast/output/test
结果 5.在php中调用
//通过blast获取targetID然后通过targetID获取详细信息
$input_sequence $data_json[sequence]; // 从用户前端输入的序列
$file_name uniqid() . .fasta;
// 创建临时文件
$tempFile tempnam(/tmp, $file_name);
//将用户输入的文件写入到临时文件blast的输入条件只找到了文件输入不知道可不可以其他形式输入
file_put_contents($tempFile, $input_sequence);
// 执行 BLAST 查询
$output shell_exec(/dir/blast/bin/blastp -query . $tempFile . -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6);echo $output;
