郑州h5网站建设,整站优化温州怎么做?,网络舆情监测工作方案,深圳市建局官网原标题#xff1a;一款好用的进化树可视化编辑软件iTOL(Interactive Tree Of Life)是一个在线显示和操作的进化树工具。我们可以添加很多自定义的项目#xff0c;丰富和完善自己的进化树#xff0c;比如添加柱状图、蛋白结构域、heatmap、基因平行转移(horizontal gene tran…原标题一款好用的进化树可视化编辑软件iTOL(Interactive Tree Of Life)是一个在线显示和操作的进化树工具。我们可以添加很多自定义的项目丰富和完善自己的进化树比如添加柱状图、蛋白结构域、heatmap、基因平行转移(horizontal gene transfer)等。今天讲一下iTOL的具体操作步骤。网址http://itol2.embl.de/打开网址后iTOL的主界面是酱紫的iTOL简介目前iTOL版本是3.0必要工具带有flash7以上的浏览器建议用chrome、 firefox、 opera、 safari等IE(强烈不建议)必须7.0以上版本必须注册才能构建自己的工作目录输入主文件进化树文件(.nwk)最好带有bootstrap的文件输入辅文件有一定标准格式的其他文件(下文有示例)iTOL菜单栏iTOL操作步骤注册 /登陆新建工作区(workspace)在工作区内新建任务(project)在project中上传树文件应用工具修图注一个workspace可以建多个project每个project可以上传一个目的树文件。1注册 / 登陆此处省略100字……2新建workspace3新建project4在project中上传树文件5应用修图工具修改图的形状字体大小和线条粗细添加背景颜色(Edit color)↓Leaf branch -----枝颜色Leaf label-----基因ID颜色Range----背景颜色注要使多个基因呈现同一种颜色需要再Range label中随便输入一个图上的基因ID。添加表达量↓Field delimiter-----选择辅助文件间隔方式Data type-----选择辅助文件展示方式辅助文件格式LABELS,sample_1,sample_2,sample_3 样本名COLORS,#ff0000,#00ff00,#0000ff 颜色AT3G04070,10,20,30AT1G69490,50,30,10AT2G33480,20,40,10AT5G13180,15,10,19 表达量AT1G52880,19,18,16AT1G61110,10,20,20AT1G77450,40,50,50AT5G63790,19,30,40AT4G27410,20,30,15AT3G15500,18,40,30AT1G52890,10,40,10↓图形保存Export tree(选择输出格式输出文件)↓添加蛋白结构域AT3G04070,343,RE|10|50|#ff0000|DUF2,DI|200|290|#aaff00|DUF22基因ID,基因长度,第一个结构域图形展示类型|结构域起始位置|结构域终止位置|图形颜色|结束第二个结构域图形展示类型|起始位置|终止位置|颜色|结束添加热图LABELS,s1,s2,s3AT3G04070,10,20,30AT1G69490,50,30,10AT2G33480,20,40,10AT5G13180,15,10,19AT1G52880,19,18,16AT1G61110,10,20,20AT1G77450,40,50,50AT5G63790,19,30,40AT4G27410,20,30,15AT3G15500,18,40,30AT1G52890,10,40,10↓添加样本聚类树添加热图时选择添加树文件。文件格式 ((s1,s3),s2)。大家可以将进化树提交给iTOL然后按照自己想要的格式进行美化试试看。想学习更多画进化树的技巧可以来参加基迪奥-华工暑期培训班()呀。好哒今天就酱紫啦~~返回搜狐查看更多责任编辑
