用PS怎么做网站图片,中国最好的包装设计公司,wordpress 中文tag,大足网站建设公司热图#xff08;heatmap#xff09;用不同的颜色和颜色的深浅来直观的展示数据之间的差异。在测序类的文章里#xff0c;几乎必有一幅热图用来展示差异表达基因。很多工具都可以完成热图的制作#xff0c;今天这篇文章主要介绍利用R语言的 pheatmap包制作热图的简单小例子。…热图heatmap用不同的颜色和颜色的深浅来直观的展示数据之间的差异。在测序类的文章里几乎必有一幅热图用来展示差异表达基因。很多工具都可以完成热图的制作今天这篇文章主要介绍利用R语言的 pheatmap包制作热图的简单小例子。pheatmap是R语言中专门用来制作热图的工具包。首先我们需要安装R和Rstudio。接下来就是安装pheatmap包了。install.packages(pheatmap)
library(pheatmap)使用pheatmap进行热图绘制准备数据最简单粗暴的方式从Excel中复制现在Rstudio中复制这一段代码Exp-read.delim(fileclipboard,headerT,row.names1,sept)随后复制excel里的表达矩阵此时这个基因表达矩阵已经存放在电脑的剪切板中回到Rstudio此时你只需要第三行代码就可以输出一张可以看的热图pheatmap(Exp)我们需要对基因进行标准化pheatmap(Exp,scalerow)取消对列的聚类pheatmap(Exp,scalerow,cluster_colsF)还可以改变配色方案pheatmap(Exp,scalerow,cluster_colsF,color colorRampPalette (c(green, white, red))(50))这样一张热图就画出来啦是不是很简单不会的可以开始动起手来试一试了。单基因泛癌分析链接TCGA单基因免疫相关泛癌分析应要求对出图添加更细致的描述mp.weixin.qq.comTCGA单基因免疫相关泛癌分析-进阶版本mp.weixin.qq.com公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程生物信息学教学m.study.163.com