建网上商城的第三方网站哪个好,网页 网站,北京做公司网站公司,免费logo设计图案创意可能出现的问题#xff1a;*个人电脑上遇到不能collect memery的情况#xff0c;是电脑内存较少#xff0c;建议分成用2G左右的数据进行组装。* Seed.fasta #用于起始组装的种子序列#xff0c;NOVOPlasty安装软件目录下有这个文件#xff0c;就叫这个名字#xff0c;作者…可能出现的问题*个人电脑上遇到不能collect memery的情况是电脑内存较少建议分成用2G左右的数据进行组装。* Seed.fasta #用于起始组装的种子序列NOVOPlasty安装软件目录下有这个文件就叫这个名字作者亲测还是这个种子序列最好用。----------------------------------------------------------------叶绿体是绝大多数陆生植物都有的细胞器让人惊奇的是植物叶绿体和线粒体一样都有着自己一套遗传物质。本文介绍如何用高通量测序数据利用两款常用的叶绿体基因组组装软件NOVOPlasty和Get Organelle来组装完整的叶绿体基因组。两个软件都是命令工行1.软件安装NOVOPlasty1.1系统和语言安装NOVOPlasty是由perl语言写的先让自己的电脑安装perl语言的编译器https://www.perl.org/ 建议使用Linux系统,电脑已经是linux 系统或者macos的就不用管了windows系统可以下载subsystem for windows具体的操作就不再这里描述了,可以参考下面两个连接里面的内容。确保你的电脑是有大于等于8G的运行内存。WSL(Windows Subsystem for Linux)的安装与使用www.cnblogs.com安装好了运行Ubuntu 18的系统 1.2 NOVOPLasty 安装在命令行输入git clone ndierckx/NOVOPlasty 下载ndierckx/NOVOPlastygithub.com上面的连接是NOVOPlasty在github的连接有问题可以参考1.3 运行NOVOPlasty运行NOVOPlasty非常简单perl NOVOPLasty的安装路径/NOVOPlasty.pl -c config.txt 就可以了重点在于NOVOPlasy的配置文件也就是cofig.txt的设置Project:-----------------------Project name #你的项目名称Type mito #组装类型叶绿体chloro 或者是线粒体mitoGenome Range 12000-22000 #基因组的预估大小基本上在16K左右吧找个近缘物种看看大小K-mer 33 #用于组装的k-mer 的大小并不是越大越好一般不建议更改Max memory #最大运行内存Extended log 0Save assembled reads noSeed Input Seed.fasta #用于起始组装的种子序列NOVOPlasty安装软件目录下有这个文件作者亲测还是这个种子序列最好用注意写绝对路径。Extend seed directly noReference sequence /path/to/reference_file/reference.fasta (optional)#选填参考的近缘物种参考序列Variance detection noHeteroplasmy #检测异质性的参数不填HP exclude list Chloroplast sequence /path/to/chloroplast_file/chloroplast.fasta (only for mito_plant option) #组装植物线粒体的时候填提供本物种的叶绿体序列Dataset 1:-----------------------Read Length 151#高通量reads读长Insert size 300 #插入片段大小测序建库的时候有Platform illumina #目前只支持illumina等大公司BGI不支持注意Single/Paired PE #双端测序还是单端测序Combined reads Forward reads /path/to/reads/reads_1.fastq #前reads的文件路径Reverse reads /path/to/reads/reads_2.fastq #后reads 的文件路径Optional:-----------------------Insert size auto yesUse Quality Scores no直接更改config.txt文件内容就可以了。1.4 结果解读组装质量最好会出现一个circular assembly 的文件不过一般情况下会有两个option这两个文件都是正确的是叶绿体的两个反向重复区域的基因顺序不确定造成的。这个时候想确定哪一个正确的时候就要做基因注释或者PCR验证。还有的时候文件会出现*的碱基这个时候也是软件不能处理一些ambiguous的区域需要人为将两端的序列比对一下去掉*号我组装的结果都没有出现这样的情况但是对于结果也检查一下有无这种情况出现。组装质量差的情况下会出下多个option组装结果或者仅有多个contigs这个时候比较麻烦了就要选择reference genome重新组装或者更换其他的软件getorganelle也是用于组装叶绿体的软件据这个软件作者来说相较于NOVOPlasty有更高的准确性NOVOplasty速度快使用简单能够满足大多数的需求。有时间再把getorganelle软件的用法写一写。后期检查组装结果的话建议对基因组进行注释软件推荐Geseq基因注释 rna注释可视化真的是一键到位操作也是非常傻瓜有需要的话给大家介绍。
