橫山区建设局网站,程序定制开发,wordpress 所有文章404,小生意是做网站还是公众号文章目录 计算机辅助药物设计AIDD【小分子专题】AIDD概述及药物综合数据库学习机器学习辅助药物设计图神经网络辅助药物设计自然语言处理辅助药物设计药物设计与分子生成 计算机辅助药物设计【蛋白质专题】蛋白质数据结构激酶-Kinase相似性学习基于序列的蛋白质属性预测基于结构… 文章目录 计算机辅助药物设计AIDD【小分子专题】AIDD概述及药物综合数据库学习机器学习辅助药物设计图神经网络辅助药物设计自然语言处理辅助药物设计药物设计与分子生成 计算机辅助药物设计【蛋白质专题】蛋白质数据结构激酶-Kinase相似性学习基于序列的蛋白质属性预测基于结构的蛋白质属性预测蛋白质-配体相互作用预测PLI 计算机辅助药物设计AIDD【小分子专题】
AIDD概述及药物综合数据库学习
人工智能辅助药物设计AIDD概述安装环境 anacondavscode虚拟环境 第三方库基本使用方法 numpy 数据计算工具pandas 数据清洗工具matplotlib 结果可视化绘图工具requests 数据库爬虫工具 多种药物综合数据库的获取方式 KEGGrequests爬虫ChebilibChEBIpyPubChempubchempy / requestsChEMBLchembl_webresource_clientBiGGcurl DeepChem集成MoleculeNet数据库介绍及下载
机器学习辅助药物设计 机器学习理论知识 机器学习种类 监督学习无监督学习强化学习 典型机器学习方法 决策树支持向量机朴素贝叶斯神经网络卷积神经网络 模型的评估与验证准确率、精确率、召回率、F1分数、ROC曲线、AUC计算平均绝对误差、均方差、R2分数、可释方差分数交叉验证等sklearn工具包基本使用 rdkit工具包的基本使用 RDKit安装 化合物编码方式和化合物相似性理论知识基于RDKit的分子读写基于RDKit的分子绘制基于RDKit的分子指纹与分子描述符基于RDKit的化合物相似性与子结构基于 RDKit 与 Python3 的构象与 RMSD 计算 项目实战 基于 Pytorch 和 RDKit 建立 QSAR 模型基于 scikit-learn 将 pytorch 用于 QSAR 模型构建项目实战1基于ADME和Ro5的分子筛选项目实战2基于化合物相似性的配体筛选项目实战3基于化合物相似性的分子聚类项目实战4: 基于机器学习的生物活性预测项目实战5基于机器学习的分子毒性预测
图神经网络辅助药物设计
图神经网络基础知识 框架介绍: PyGDGLTorchDrug图神经网络消息传递机制图神经网络数据集设计图神经网络节点预测、图预测任务和边预测任务实战 项目实战1基于图神经网络的分子毒性预测 SMILES分子数据集构建PyG图数据集基于GNN进行分子毒性预测 项目实战2基于图神经网络的蛋白质-配体相互作用预测 蛋白质分子图形化构建PyG图数据集基于GIN进行网络搭建及相互作用预测
自然语言处理辅助药物设计
自然语言处理概述 文本类语言的向量表示方法Encoder-Decoder模型循环神经网络模型Seq2seq模型Attention注意力机制Transformer模型 项目实战 基于无监督的Seq2Seq模型进行分子表示学习基于Transformer模型的反应表示方法基于自然语言处理的反应分类任务基于BERT模型的反应产量预测任务
药物设计与分子生成
分子生成模型概述 循环神经网络RNN变分自动编码器VAE生成对抗网络GAN强化学习RL 基于RDKit提取反应规则预测分子生成 基于 RDKit 处理化学信息学中的反应方程式基于 RDKit 绘制化学反应基于 RDKit 和 SMARTS 的化学反应处理基于RDKit的化学反应指纹与化学反应相似度计算基于 RDKit 通过 SMARTS 定义反应模式来生成反应产物 基于深度学习的分子生成 基于图数据的小分子化合物生成模型基于MolGAN的分子生成分子合成可行性评估
计算机辅助药物设计【蛋白质专题】
蛋白质数据结构
数据库介绍与相关数据爬取 PDB数据库UniProt数据库KLIFS数据库 【基于RDKit的蛋白质基本操作】 基于 RDKit 的氨基酸序列转换为 SMILES基于 RDKit 的肽和核酸序列转换分子 Mol 对象多肽 HELM 字符串格式与分子 Mol 格式间的转换从 ChEMBL 数据库提取大分子 HELM 单体XML 转换为 DataFrame 并搜索部分结构)基于RDKit的药效团特征与可视化 【基于RDKit的药效团处理】 RDKit 中的药效团特征RDKit可视化药效团PharmacophoreRDKit | 基于 RDKit 从分子中提取 3D 药效团特征RDKit | 基于 RDKit 计算 3D 药效团指纹 【基于RDKit的骨架 (Scaffold)】 RDKit | 基于 RDKit 操纵分子结构骨架转换RDKit化合物骨架分析基于 Python3 【基于RDKit的片段 (Fragments)处理】 RDKit 中的 RECAP 进行分子裂解RDKit基于 RECAP 生成片段RDKit | 可视化重要片段RDKit | 基于片段的分子生成骨架 A 骨架 BRDKit | 基于多片段的分子生成骨架 A 骨架 B 骨架 C
激酶-Kinase相似性学习
激酶基本理论介绍Kinase相似性序列Kinase相似性Kinase口袋KiSSim指纹Kinase相似性交互指纹Kinase相似性配体配置文件Kinase相似性比较不同的view
基于序列的蛋白质属性预测
多重序列对比基于蛋白质序列的深度学习和机器学习任务预测突变对TEM-1β-内酰胺酶蛋白的影响基于蛋白质的二级结构预测残基的属性通过蛋白质的溶化温度预测蛋白质的稳定性
基于结构的蛋白质属性预测
蛋白质结构数据处理基于RDKit的蛋白质动态图构建基于几何感知关系图神经网络GearNet及其边缘消息传递的扩展GearNet-Edge的蛋白质结构表示模型
蛋白质-配体相互作用预测PLI
结合位点相似性和脱靶预测结合位点预测蛋白质-配体对接蛋白质-配体相互作用NGLView高级教程分子动力学模拟分析分子动力学模拟基于图神经网络的蛋白质-配体相互作用预测分类任务基于机器学习的分子对接来预测蛋白质-配体的结合亲和力回归任务
